Lynetteholm er et af de største anlægsprojekter i Danmark, og mængden af jord er så stor, at det vil kræve at 700 lastbiler kører gennem København hver dag i mellem 30 og 50 år for at fylde øen op. Sejlerne i en nærliggende havn, Margretheholm Havn, som ligger på Refshaleøen i København, ser med bekymring på planerne. De 700 daglige lastbiler er nemlig planlagt at køre hen over udsejlingen fra deres havn, og det betyder i praksis at havnen må lukke.

Men projektet kritiseres fra flere sider til ikke at være godt nok undersøgt. Både svenske miljømyndigheder og danske miljøorganisationer påpeger at miljøundersøgelserne ikke opfylder de formelle krav. Så sejlerne sejler lidt endnu.